ورود فاضلاب از ۹۹ مجرا، لایروبی نشدن رسوبات و کاهش عمق آب، تنها بخشی از مشکلات متعدد تالاب انزلی است که باعث کم شدن شدید تعداد ماهی در آن شده است و اثرات منفی زیان‌باری بر زندگی صیادان و ساکنان حاشیه تالاب داشته است.
نیمی از گونه‌های ماهی در تالاب انزلی نابود شدند